Tổng thống Gorbachev và các quan chức khác đã khẳng định là cần phải chặn những cuộc tàn sát và bạo lực đối với người dân Armenia và ngăn chặn các nỗ lực của những kẻ cực đoan nhằm lật đổ chính phủ Azerbaijan. Nghị định của chính phủ viết: "Các nhóm cực đoan đang tổ chức phá rối trật tự hàng loạt, thổi bùng lòng thù địch dân tộc. Chúng đã phạm những hành vi tội phạm táo bạo, đặt mìn phá cầu, đường, bắn phá các khu định cư, bắt giữ các con tin".[12]

Bộ trưởng bộ Quốc phòng Yazov cũng nói là những người theo chủ nghĩa dân tộc đã âm mưu một cuộc đảo chính ở Azerbaijan: "Một cuộc họp đã được dự trù, trong đó có đề xuất công bố việc chuyển giao quyền lực vào tay Mặt trận Nhân dân". Ông lưu ý "Mặt trận Nhân dân" đã tự tuyên bố tình trạng khẩn cấp ở Baku như thế nào trước khi hành động, và các cơ quan nhà nước Xô viết "đã không còn kiểm soát tình hình như thế nào".[13][14][15][16]

Số tử vong

Theo báo cáo, thì 93 người Azerbaijan và 29 binh sĩ Liên Xô bị giết trong các cuộc đụng độ trên đường phố. Các báo cáo khác cho biết 21 binh sĩ Liên Xô bị giết và 90 người khác bị thương trong cuộc đụng độ đó.[17][18] Tuy nhiên, những người lính nói trên bị chết như thế nào thì vẫn còn là vấn đề đang tranh cãi. Số binh sĩ tử vong được chính quyền Liên Xô tuyên bố là do lực lượng kháng chiến vũ trang gây ra, mặc dù một số binh sĩ này có thể đã là nạn nhân của hỏa lực từ chính đồng đội họ bắn ra.[7]

Hơn 130 người chết vì vết thương họ bị trong đêm đó và trong các cuộc đối đầu dữ dội tiếp theo kéo dài tới tháng Hai; phần lớn trong số này là thường dân bị binh lính Liên Xô giết. Hơn 700 dân thường dân khác bị thương. Hàng trăm người đã bị bắt giữ, nhưng chỉ có ít người trong số họ được đưa ra xét xử về tội phạm hình sự. Tự do dân sự đã bị cắt giảm.

Tuyên bố của chủ tịch Đoàn Xô Viết tối cao Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Xô viết Azerbaijan E. Gafarova ngày 21 tháng 1 năm 1990 thì nói: "Những người Azerbaijan sẽ không bao giờ tha thứ cho bất cứ ai về cái chết bi thảm của những con trai con gái của họ..."

Trong một diễn văn ngày 27.4.1995 ở Istambul, Thổ Nhĩ Kỳ, ông Gorbachev nói: "Việc tuyên bố tình trạng khẩn cấp ở Baku và gửi quân đội vào thành phố này là một lỗi lầm lớn nhất trong đời sống chính trị của tôi…"

Bộ trưởng bộ Quốc phòng Liên Xô thời đó, Dimitri Yazov, nói rằng việc sử dụng lực lượng quân sự ở Baku là nhằm để ngăn chặn việc tiếp quản trên thực tế chính phủ Azerbaijan của phe đối lập không Cộng sản, để ngăn chặn chiến thắng của họ trong các cuộc bầu cử tự do sắp tới (dự kiến tổ chức vào tháng 3 năm 1990), để tiêu diệt họ như là một lực lượng chính trị, và để đảm bảo rằng Chính phủ cộng sản vẫn nắm quyền.

Việc vi phạm thô bạo nhân quyền và việc giết người hàng loạt ở Azerbaijan đã ít gây ra phản ứng của các cường quốc phương Tây. Chế độ của Mikhail Gorbachev đã được ủng hộ mạnh mẽ để chống lại "các băng đảng có vũ trang mạnh của bọn côn đồ và những kẻ buôn bán ma túy".

Việc sử dụng vũ lực tàn bạo ở Azerbaijan tạo ra một phản lực. Nó đã phá mất các cơ hội duy trì đế chế khỏi bị sụp đổ, và đã làm sống lại phong trào dân tộc giành độc lập.

Các ước tính khác cho thấy là từ 133[19] tới 137[20] thường dân bị chết, còn số không chính thức là tới 300 người.[21] Có tới 800 người bị thương tật và 5 người mất tích.[22] Cộng thêm 26 người bị giết ở các vùng Neftchala và Lankaran của Azerbaijan.[23]